Penerapan MBS di Indonesia sudah cukup baik, apalagi untuk daerah perkotaan dengan SDM yang memadai. Namun masih ada beberapa kepala sekolah yang belum bisa mengkomunikasikan dan berkoordinasi dengan baik mengenai program sekolah kepada warga sekolah maupun warga sekitar. Pengelolaan dana dari berbagai sumber juga belum di lakukan secara transparan. Akibatnya warga sekolah maupun masyarakat kurang antusias untuk mendukung program-program sekolah. Namun yang sering menjadi masalah adalah kurangnya kontribusi masyarakat baik membantu sekolah untuk melaksanakan program sekolah maupun membantu menjaga keamanan sekolah. Di suatu daerah, beberapa perlengkapan sekolah seringkali hilang. Yang diduga di ambil oleh warga sekitar untuk kepentingan tertentu. Seperti kayu untuk pagar yang tiba-tiba hilang, dan ternyata kayu tersebut digunakan sebagai kayu bakar. Ataupun peternakan ayam yang bau kotorannya sampai ke lingkungan sekolah dan mungkin masih banyak lagi persoalan-persolan lain yang